Il n'y a pas d'obligation de comptabilité informatisée par l'Administration, d'ailleurs dans le BOFIP il est systématiquement mentionné "Lorsque la comptabilité est tenue au moyen de systèmes informatisés ..."
L'obligation porte sur la fourniture de fichiers FEC (fichier des écritures comptables) à l'administration en cas de contrôle.
Ces fichiers sont au format csv (= excel) et respecter un formatage des données précis.
L'administration dans sa grande mansuétude fournit même un outil pour vérifier ton fichier avant l'envoi :
https://www.economie.gouv.fr/dgfip/outil-test-des-fichiers-des-ecritures-comptables-fec